El ANPRALE se encuentra ubicado dentro de la Ecorregión Valdiviana abarcando porciones de la unidad biogeográfica denominada Bosque Patagónico. Esta región se caracteriza por una gran diversidad de ambientes ligados a la topografía y al clima.

El Área protegida alberga entre sus valles y montañas numerosas formaciones boscosas, praderas y mallines de altura, turberas, lagos, lagunas, ríos, arroyos y glaciares.

La mayor parte de los cursos de agua dentro del ANPRALE, como los ríos Teno, Raquel, Lindo, Motoco y Encanto Blanco, pertenecen a la cuenca del río Azul, en tanto que los cursos de la porción septentrional del Área desaguan hacia la cuenca de los ríos Manso – Villegas – Foyel. Algunos de los espejos de agua presentes en el área son los lagos Escondido, Montes, Soberanía, Lindo, Tricolor y las lagunas Grande, Lali, Jovita, Natación y Lahuan.

El clima es predominantemente templado a frío, con una marcada estacionalidad de las precipitaciones provenientes del Pacífico, cuyo gradiente disminuye hacia el este. Debido a ello, en los sectores más occidentales del área se desarrollan ambientes con ingresiones valdivianas dominados por la humedad y la disponibilidad del agua. Éstos, se caracterizan por un sotobosque denso de helechos, arbustos y árboles bajos con flores vistosas como el taique (Desfontainia spinosa), el canelo enano (Drimys andina), el chilco (Fuchsia magellanica) y el notro (Embothrium coccineum). Mientras que el estrato boscoso superior cuenta con especies como el ulmo (Eucryphia cordifolia), el laurel (Laurelia sempervirens) y el canelo (Drymis winteri), entre otras.

En el ANPRALE predominan las formaciones boscosas puras o mixtas de especies como el coihue (Nothofagus dombeyi), el ñire (Nothofagus antartica), el ciprés de la cordillera (Austrocedrus chilensis), la lenga (Nothofagus pumilio) y el alerce (Fitzroya cupressoides), junto a otras especies como el radal (Lomatia hirsuta), la laura (Schinus patagonicus), el retamo (Diostea juncea), el maqui (Aristotelia chilensis), la caña colihue (Chusquea culeou) y gran variedad de helechos y herbáceas.

En las cotas de mayor altitud, caracterizadas por condiciones climáticas más hostiles (fuertes vientos, grandes nevadas y exposición solar plena), la vegetación es del tipo semidesértica o está ausente. El semidesierto altoandino comprende ambientes de gran fragilidad ecológica, que incluyen principalmente arbustos rastreros y herbáceas nativas de los géneros Empetrum, Pernettya, Nassauvia y Senecio.

Debido a la diversidad de ambientes que alberga, el ANPRALE permite conservar un gran número de endemismos no sólo de especies vegetales sino también, de animales y hongos. Por ello es el hogar de mamíferos como el huemul (Hipoccamelus bisulcus), el pudú-pudú (Pudu puda), el monito del monte (Dromiciops gliroides), el puma (Puma concolor), el zorro colorado (Lycalopex culpaeus), entre otros, también de gran variedad de aves como el carpintero gigante (Campephilus magellanicus), el pato de los torrentes (Merganetta armata), el cóndor (Vultur gryphus), el rayadito (Aphrastura spinicauda), el hued hued (Pteroptochos tarnii), y el chucao (Scelorchilus rubecula), y de diversos reptiles, anfibios e insectos de importancia ecológica como el abejorro nativo (Bombus dahlbomii).